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根據2015版《中國藥典》9204微生物鑒定指導原則，大多數非無菌藥品生產過程和部分無菌生產環境的風險評估中，對所檢出微生物需要進行常規特征分析，即可滿足要求。對于非無菌產品的控制菌檢查一般應達到種屬水平。無菌試驗結果陽性和無菌生產模擬工藝失敗時，對檢出微生物鑒定至少進行達到種屬水平，必要時達到菌株水平。以下簡單介紹一下微生物鑒定方法。
      首先通過初篩試驗，確定純化后的待檢菌株的基本微生物特征，進行初步分類。常見的初篩試驗包括革蘭染色、芽孢染色、鏡檢觀察染色結果和細胞形態、重要的生化反應。其中生化篩選試驗包括氧化酶試驗、過氧化氫酶試驗和凝固酶試驗。初篩實驗結果將為后續鑒定試驗提供依據。
      通過比較微生物的菌落形態、理化特征和特征化學成分與典型微生物的差異進行的微生物鑒別，屬于微生物表型鑒定，是經典的微生物分類鑒定法。目前已有多種商業化的生化鑒定系統，為實驗人員省去了繁瑣的實驗量，如API試劑條鑒定系統、VITEK 全自動鑒定系統、Biolog自動微生物鑒定系統。近年來一種新型的表型方法，介于表型和基因型之間的MALDI-TOF質譜法在微生物檢定領域也取得了較快的發展。在表型鑒定時，應注意采用適宜的培養基、培養時間和傳代次數對鑒定結果的影響。通常進行生化鑒定需要待檢菌為新鮮培養物。
      微生物基因型通常不受生長培養基或分離活性的影響，只需分離得到純菌落便可用于分析。但是技術水平需要保證，還需要昂貴的分析設備和實驗材料。基因型鑒定包括16S rDNA、18S rRNA和ITS區測序鑒定、限制性內切酶片段長度多態性(RFLP)、MLST、全基因組測序等。RiboPrinter 微生物鑒定系統是基于RFLP技術來區分菌株，有助于溯源分析進行風險評估。當然，鑒定的終極手段是包含微生物所有遺傳信息的全基因組測序。